Éstan serán las dos primeras rutas marinas que visites en el juego. Para llegar a ellas, sal por el oeste de Ciudad Olivo y usa la MO Surf para ponerte sobre el agua. Ahora, sigue el camino por el mar. La Ruta 40 es más corta que la Ruta 41, pues sólo tiene a cuatro entrenadores, aunque en ella puedes conseguir la MT88 Picoteo, en el terreno que aparece en la segunda imagen. Una vez hayas derrotado a todos los entrenadores, llegarás enseguida a la Ruta 41.

Entrenador	1º Pokémon	2º Pokémon	3º Pokémon
Nadador	Tentacool Nv.20	Tentacool Nv.20
Nadadora	Staryu Nv.21
Nadador	Shellder Nv.18	Shellder Nv.18	Wartortle Nv.20
Nadadora	Staryu Nv.19	Shellder Nv.19

A diferencia de la anterior, la Ruta 41 no tiene ningún objeto por conseguir, aunque rodea a cuatro islas, las Islas Remolino, a las que sólo podremos acceder cuando tengamos la MO Torbellino y más medallas. En esta Ruta tendremos un total de 10 entrenadores, así que se hará más larga. Una vez los hayas derrotado a todos, sigue a la izquierda y llegarás a Ciudad Orquídea.

Entrenador	1º Pokémon	2º Pokémon	3º Pokémon	4º Pokémon	5º Pokémon	6º Pokémon
Nadador	Tentacool Nv.16	Tentacool Nv.16	Tentacool Nv.17	Tentacool Nv.17	Remoraid Nv.19	Staryu Nv.19
Nadador	Shellder Nv.21	Tentacool Nv.19	Tentacruel Nv.19
Nadadora	Goldeen Nv.18	Goldeen Nv.20	Seaking Nv.20
Nadador	Krabby Nv.23
Nadador	Qwilfish Nv.23
Nadadora	Horsea Nv.21	Horsea Nv.21
Nadadora	Staryu Nv.20	Starmie Nv.20
Nadadora	Psyduck Nv.20	Goldeen Nv.22
Nadador	Gyarados Nv.20	Gyarados Nv.20
Nadadora	Seel Nv.22