Al entrar a la Liga Pokémon deberás parar un momento para curar a tus Pokémon, comprar objetos como Hiper Poción, Restaur. Todo, Cura Total o Revivir y todo lo necesario para que tus Pokémon resistan durante la liga. Si aún crees que no estás listo para enfrentarte a la Liga, también encontrarás a un señor con un Abra que te Teletransportará a Pueblo Primavera si fuera necesario. Si crees que estas preparado, sigue hacia adelante.

El primer miembro del Alto Mando será Mento, especializado en Pokémon Tipo Psíquico, a los que ganan los tipos Bicho, Fantasma y Siniestro. Sus Pokémon estarán entre los niveles 40 y 42, así que será el miembro más fácil del Alto Mando.

Entrenador	1º Pokémon	2º Pokémon	3º Pokémon	4º Pokémon	5º Pokémon
Mento	Xatu Nv.40	Jynx Nv.41	Xatu Nv.42	Exeggutor Nv.41	Slowbro Nv.41

El segundo Alto Mando al que te enfrentarás será Koga, el Líder de Ciudad Fucsia en la 1a Generación, que usará a Pokémon tipo Veneno. Sus Pokémon estarán entre los niveles 40 y 44, y podrás ganarlos más fácilmente si usas a los tipos Tierra y Psíquico.

Entrenador	1º Pokémon	2º Pokémon	3º Pokémon	4º Pokémon	5º Pokémon
Koga	Ariados Nv.40	Crobat Nv.44	Venomoth Nv.41	Forretress Nv.43	Muk Nv.42

Ya hemos llegado a la mitad. El tercer miembro del Alto Mando al que te enfrentarás será Bruno, que usará Pokémon de tipo Lucha, aunque también usará a Onix, del tipo Roca/Tierra. Sus Pokémon están entre los niveles 42 y 46, y los ganarás si usas los tipos Volador y Psíquico.

Entrenador	1º Pokémon	2º Pokémon	3º Pokémon	4º Pokémon	5º Pokémon
Bruno	Hitmontop Nv.42	Onix Nv.43	Hitmonlee Nv.42	Hitmonchan Nv.42	Machamp Nv.46

El cuarto y penúltimo miembro del Alto Mando al que te enfrentarás será Karen, que usará a Pokémon principalmente de tipo Siniestro, con niveles 42 a 47, a los que solo puedes tener ventaja usando Pokémon de tipo Bicho. Cuando le ganes, cura a tus Pokémon antes de avanzar y luego sigue adelante para enfrentarte al último miembro del Alto Mando.

Entrenador	1º Pokémon	2º Pokémon	3º Pokémon	4º Pokémon	5º Pokémon
Karen	Umbreon Nv.42	Murkrow Nv.44	Houndoom Nv.47	Vileplume Nv.42	Gengar Nv.45

El último y más fuerte miembro del Alto Mando al que te tienes que enfrentar es Lance, al que ayudaste a eliminar al Team Rocket en Pueblo Caoba. Lance usará Pokémon del legendario tipo Dragón, uno de los más poderosos y al que solo ganan los tipos Hielo y el tipo Dragón mismo. Sus Pokémon, al ser los más fuertes del Alto Mando, tendrán sus niveles entre 46 y 50, así que será todo un reto vencerlos.

Entrenador	1º Pokémon	2º Pokémon	3º Pokémon	4º Pokémon	5º Pokémon	6º Pokémon
Lance	Gyarados Nv.46	Aerodactyl Nv.48	Charizard Nv.48	Dragonite Nv.49	Dragonite Nv.49	Dragonite Nv.50

Cuando hayas vencido a Lance, vendrán el Profesor Oak y Rosa para entrevistarte. Lance lo evitará y te llevará al Hall de la Fama, para registrarte a tí y a tus Pokémon como nuevos campeones de la Liga. Tras el registro, se guardará la partida y aparecerán los créditos del juego, pues se acaba de terminar la primera parte.