Ésta será una de las partes más largas de la Guía. Tras volver a Pueblo Caoba, entra en la casa que hay encima del Centro Pokémon, donde estará Lance con su Dragonite. Lance encontrará entonces unas escaleras secretas que llevan hacia el interior de la base, que se escondían bajo el armario. No queda otra, así que sígue a Lance.

Cuando entres, verás una extraña estatua de un Persian con unos extraños ojos de color rubí. Estas estatuas harán que salgan los mismos dos Soldados del Team Rocket, hasta que las desactives. Para desactivarlas, sigue hacia abajo y llegarás hasta un Científico. Ve al ordenador que está a su lado y púlsa el botón para desactivar las estatuas, aunque te pueden servir para entrenar a tus Pokémon. Tras recoger los objetos que hay por el piso, ve por la derecha y luego hacia abajo, para llegar a las escaleras.

Entrenador	1º Pokémon	2º Pokémon	3º Pokémon	4º Pokémon
Soldado Rocket	Drowzee Nv.17	Zubat Nv.19
Soldado Rocket	Zubat Nv.16	Rattata Nv.18	Grimer Nv.17
Soldado Rocket	Rattata Nv.16	Rattata Nv.16	Rattata Nv.16	Rattata Nv.16
Científico	Magnemite Nv.20	Magnemite Nv.20	Magnemite Nv.20

Las escaleras estarán al suroeste de la guarida. Ten cuidado con el círculo amarillo, porque te llevará directamente al principio, aunque te servirá a la hora de salir. En el piso inferior te encontrarás de nuevo con Lance y su Dragonite, y te dirá que hay que encontrar dos contraseñas. Ahora toca encontrar a los Rockets que las tienen, que son los de las imágenes. Para que te la digan, habla con ellos tras derrotarlos.

Entrenador	1º Pokémon	2º Pokémon
Soldado Rocket	Venonat Nv.18	Venonat Nv.18
Soldado Rocket	Golbat Nv.18
Científico	Koffing Nv.22	Koffing Nv.22
Soldado Rocket	Ekans Nv.18	Gloom Nv.18
Científico	Ditto Nv.24
Soldado Rocket	Raticate Nv.19

Ahora toca dirigirnos a la oficina del Jefe. Antes de eso, puedes conseguir la MT49 Robo al lado de unas cajas. Ahora, sigue las escaleras que hay arriba a la derecha y luego dirígete de nuevo a la izquierda. Allí encontrarás dos escaleras, una de ellas te llevará a la oficina del Jefe y la otra hasta la MT46 Ladrón. Cuando estés delante de la oficina del Jefe, aparecerá tu rival, pero tras hablarte un poco se marchará.

Entrenador	1º Pokémon	2º Pokémon	3º Pokémon
Soldado Rocket	Rattata Nv.17	Zubat Nv.17	Rattata Nv.17

Si conseguiste correctamente las dos claves, la puerta de la oficina se abrirá y podrás enfrentarte al Jefe de la guarida. El Jefe te dirá que sus intenciones son conseguir que su Líder regrese al Team Rocket. Cuando le hayas vencido, su Murkrow saldrá corriendo de la oficina. Síguelo, y verás que llegará hasta la Barrera que protege la máquina principal, y también la abrirá.

Entrenador	1º Pokémon	2º Pokémon	3º Pokémon
Rocket	Zubat Nv.22	Koffing Nv.22	Raticate Nv.24

Entra en la sala de las máquinas, pero enseguida vendrán los Ejecutivos del Team Rocket para evitar que los derrotes. Por suerte, también vendrá Lance para combatir, y os enfrentaréis en un combate doble. Cuando los hayas vencido, el Team Rocket se marchará de la guarida, pero la máquina aun seguirá funcionando. Lance te dirá que la única forma de pararlos es derrotándolos, así que tendrás que combatir contra los tres Electrode que ves en la imagen.

Entrenador	1º Pokémon	2º Pokémon	3º Pokémon
Soldado Rocket	Drowzee Nv.18	Grimer Nv.20
Rocket	Arbok Nv.25	Murkrow Nv.27	Gloom Nv.25

Finalmente la máquina se apagará, y Lance te dará las gracias por tu ayuda. También te dirá que encontró la MO05 Torbellino mientras eliminaba a los Electrode, y te la dará. Ahora, tu misión en la Guarida Rocket ha terminado. Sube las escaleras y vuelve a Pueblo Caoba.