Pokémon XD: Tempestad Oscura es la secuela directa de Pokémon Colosseum, cerrando la saga de los Pokémon Oscuros de forma definitiva. Al igual que su antecesor el arco argumental se desarrolla en la Región del Aura, una pintoresca zona protagonizada mayormente por un desierto. En esta entrega la historia empieza en el oeste del mapeado, concretamente en el Laboratorio Pokémon, mientras que en Colosseum lo hace en el este.