Pero el cambio más importante lo veremos en las vidas, las cuales ahora se regenerarán aunque tengamos más de 5 vidas acumuladas. Es por eso que ahora veremos un segundo número justo a la derecha de las 5 vidas que teníamos antes, el cual nos indicará el número de vidas acumuladas que podemos gastar pero que no se regenerarán. Para poder estrenar este sistema han incluido las vidas que tuviésemos (fuesen regeneradas o no) en el contador de vidas acumuladas. También nos daremos cuenta de que antes de empezar a jugar una fase podremos ver el nivel de nuestros Pokémon seleccionados y su barra de experiencia directamente desde el selector automático, un selector que ahora por fin puede ponernos a Mewtwo como mega.
En la captura de Pokémon de Pokémon también apreciamos una gran novedad, y es que ahora tendremos la "Ocasión de oro" que aumentará un poco nuestra probabilidad de captura en algunas ocasiones si no lo capturamos a la primera. Además, también se nos mostrará la ficha del Pokémon con su Fuerza y Habilidad justo después de que consigamos atraparlo.
También han añadido a Victini a la Lista de Pokémon y un icono de un misterioso caramelo en las fichas de los Pokémon con megapiedra. El número de caramelos que puede tener cada Pokémon de los disponibles actualmente varía entre 1 y 8 y todavía desconocemos qué utilidad se le va a dar y cómo se van a conseguir. Sin embargo, mirando los datos internos hemos descubierto que seguramente se trate de un objeto que permita que la barra de megaevolución del Pokémon se rellene más rápidamente cuantos más caramelos tenga.
La web oficial ha confirmado que la fase de Victini será una fase especial que podremos jugar una vez cada sábado para atraparle y conseguir una gran cantidad de experiencia rápidamente al tratarse de una fase que tiene solamente 7 turnos. La web también avisa de una fase de Giratina Forma Alterada que estará disponible más adelante y que no será "Fase Especial", sino que será un tipo de fase nueva denominada Fase Gradual que tendrá diferentes grados de dificultad siendo esta primera fase la de dificultad 1. Y aunque todavía no tenemos la fecha para esa fase, lo que sí que parece que tendremos este viernes será una nueva competición de Mega-Venusaur con la que podremos conseguir la Venusaurita.
Por si todo esto fuese poco también han corregido el truco que permitía hacer trampas en las fases de tiempo como las competiciones, volviendo al menú de la consola constantemente para poder hacer muchos más movimientos en apenas un segundo de tiempo. Para evitar esto han desactivado el uso del botón Home en las fases de tiempo como las fases Extra y las competiciones. También han implementado un sistema de expulsión de usuarios de las competiciones para evitar a tramposos como el caso de un japonés que utilizó a Ditto, Pokémon que todavía no está disponible en Pokémon Shuffle.